Enviado al Gabón, en el África Ecuatorial Francesa, bajo las órdenes del vicario apostólico Monseñor Tardy, se dedica a la formación del futuro clero indígena (1932-1938).
Al final de su noviciado, el joven padre Marcel Lefebvre es nombrado primero profesor, y luego director, del seminario de Libreville en Gabón.
Allí se muestra en seguida muy flexible y agradable, sonriente, firme en sus ideas, muy querido por sus alumnos y apreciado por los padres, manifestando desde el comienzo de su vida misionera una competencia y un gusto particulares por la formación de los sacerdotes.
¿Quién diría que tres de sus alumnos llegarían a ser obispos? Según la opinión de su colaborador, Marcel Lefebvre es «firme, medido, muy personal en sus juicios y decisiones, sobresaliente desde el punto de vista de la organización y equipamiento material».
Apostolado en misión
Nombrado luego superior de misión (1938-1945), hace giras por su distrito, dirime los pleitos, construye y organiza.
Sabe con precisión cuáles deben ser sus prioridades:
ante todo los catequistas, cristianos ejemplares, para formar verdaderos cristianos; luego las escuelas católicas, para formar futuros jefes de familia, suscitar vocaciones sacerdotales y forjar finalmente una cristiandad.
Se combate entonces a los brujos. Los misioneros católicos sacan amplia ventaja a los ministros protestantes. Hasta los desdichados años de guerra, la Iglesia de África crece rápidamente. Pero en 1945 Monseñor Lefebvre debe irse de África.
"O trabalho era muito duro e o clima terrível. Muitos jovens missionários que eram enviados a aquele país morriam depois de dois ou três anos. Quando íamos ao cemitério, víamos os túmulos de nossos missionários: morto aos vinte e seis anos, morto aos vinte e sete anos, morto aos vinte e oito anos. O clima era insuportável."
Dom Marcel Lefebvre,
A pequena história da minha longa história.